Für die Förderperiode 2007-2013 wurden die Strukturfonds neu ausgerichtet. Kernelement der Neuausrichtung ist dabei die Konzentration auf die neu aufgelegten Ziele von Lissabon, also nachhaltiges Wachstum, Wettbewerbsfähigkeit und Beschäftigung.

Dafür gibt es nunmehr drei Finanzierungsinstrumente:
- den Kohäsionsfonds
- den Europäischen Sozialfonds (ESF)
- den Europäischen Fonds für regionale Entwicklung (EFRE)

Da die Mittel des Kohäsionsfonds nur für die strukturschwächsten Mitgliedsstaaten der EU verwendet werden (Pro-Kopf-BIP unter 75% des Gemeinschaftsdurchnitts), werden in Österreich Mittel aus dem ESF und dem EFRE einsetzbar sein.

In der neuen Strukturfondsperiode gibt es drei Ziele, in die auch die Inhalte der Gemeinschaftsinitiativen INTERREG, URBAN und EQUAL teilweise integriert wurden.

Die drei neuen Ziele sind:

Ziel 1) Konvergenz
Gefördert werden Mitgliedsstaaten und Regionen mit dem größten Entwicklungsrückstand durch Verbesserung der Voraussetzungen für Wachstum und Beschäftigung.
Für Ziel 1 werden europaweit 81,5% der Mittel aus den Strukturfonds aufgewendet.

Ziel 2) Regionale Wettbewerbsfähigkeit und Beschäftigung
Mit den Mitteln für Ziel 2 soll eine Stärkung der Wettbewerbsfähigkeit und Attraktivität der Regionen sowie der Beschäftigung erreicht werden, besonders auch durch die Antizipation des Wandels in Wirtschaft und Gesellschaft.
Für Ziel 2 werden europaweit 16% der Strukturfondsmittel verwendet.

Ziel 3) Europäische Territoriale Zusammenarbeit (ETZ)
Ziel ist die Stärkung der grenzübergreifenden Zusammenarbeit durch gemeinsame lokale und regionale Initiativen und eine Stärkung der transnationalen und transregionalen Zusammenarbeit.
Ziel 3 erhält europaweit 2,5% der Strukturfondsmittel.

Dabei kann das "Ziel 1) Konvergenz" aus allen drei Fonds, das "Ziel 2) Regionale Wettbewerbsfähigkeit und Beschäftigung" aus dem ESF und dem EFRE und das "Ziel 3) Europäische Territoriale Zusammenarbeit" aus dem EFRE gefördert werden.

Insgesamt sind die drei Fonds mit 308 Milliarden Euro EU-Mittel dotiert. Dabei stehen für Österreich 1,461 Milliarden Euro zur Verfügung. Der nationale Kofinanzierungsanteil von geförderten Projekten im Rahmen der eingereichten Programme ist unterschiedlich. Im Ziel 3) Europäische Territoriale Zusammenarbeit (ETZ) muss er mindestens 15% betragen.