Die Europäische Territoriale Zusammenarbeit (ETZ) wurde als neues Ziel 3) in der Strukturfondsperiode 2007-2013 verankert. Die Inhalte der früheren Gemeinschaftsinitiativen INTERREG und URBAN wurden in dieses neue Ziel teilweise integriert.

Im Unterschied zur vergangenen Strukturfondsperiode müssen Projekte, die im Rahmen der Europäischen Territorialen Zusammenarbeit förderfähig sein sollen, aus jedem Land des jeweiligen Programms mindestens einen Projektpartner haben. Ein Projektpartner übernimmt dabei die Rolle des Lead Partners und übernimmt damit gegenüber den Verwaltungsbehörden die Gesamtverantwortung. "Spiegelprojekte" wie in der vergangenen Periode sind damit nicht mehr möglich.

Die Europäische Territoriale Zusammenarbeit hat drei Prioritäten:

1) Grenzüberschreitende Zusammenarbeit durch gemeinsame Programme
Ziel ist eine nachhaltige territoriale Entwicklung durch die Förderung grenzübergreifender wirtschaftlicher, sozialer und ökologischer Tätigkeiten. Damit soll eine nachhaltige territoriale Entwicklung bewirkt werden. Dies geschieht durch Unternehmensförderungen insbesondere in den Bereichen Fremdenverkehr, Kultur und grenzüberschreitender Handel, nachhaltige Ressourcenentwicklung, Stärkung und Ausbau der Infrastruktur und Verbesserung von deren gemeinsamer Nutzung. Darüber hinaus wird eine grenzüberschreitende Integration des Arbeitsmarktes, lokaler Beschäftigungsinitiativen, Fortbildung sowie die gemeinsame Nutzung von Humanressourcen und Einrichtungen von F&E gefördert. Das Vorläuferprogramm war INTERREG IIIA.

Für diese Priorität wurden folgende operationelle Programme mit österreichischer Beteiligung bei der EU eingereicht. Die Aufgabe der Programmverwaltung liegt bei den regionalen Behörden.
- Österreich-Tschechische Republik (Verwaltungsbehörde Landesregierung NÖ)
- Österreich-Slowakische Republik (Verwaltungsbehörde Gemeinde Wien)
- Österreich-Ungarn (Verwaltungsbehörde Landesregierung Burgenland)
- Österreich-Slowenien (Verwaltungsbehörde in Maribor)
- Österreich-Deutschland/Bayern (Verwaltungsbehörde Landesregierung Oberösterreich)
- Österreich-Italien

2) Transnationale Kooperationen
Ziel ist die Schaffung und Förderung der transnationalen Zusammenarbeit, wobei folgende Schwerpunkte im Mittelpunkt stehen: Innovation in Wissenschaft und Technologie, nachhaltige Umweltentwicklung, Zugänglichkeit zu Infrastruktur, nachhaltige Stadtentwicklung.
Österreich ist an folgenden operationellen Programmen beteiligt:
- Alpenraum
- South Eastern Europe
- Central Europe
Das Vorläuferprogramm war INTERREG IIIB.

3) Interregionale Kooperationen bzw. Netzwerkprogramme
Ziel ist die Stärkung der Effizienz der Regionalpolitik durch die Förderung der interregionalen Zusammenarbeit, die Schaffung von Netzwerken und den Erfahrungsaustausch zwischen den regionalen und lokalen Behörden.
Das Vorläuferprogramm war INTERREG IIIC.